Po raz pierwszy Sztafetowy Bieg Szlakiem Męczeńskiej Drogi Księdza Jerzgo Popiełuszki odbył się w 1992 roku. Pomysłodawcą i pierwszym organizatorem był nieżyjący już Eugeniusz Połtyn - prezes Towarzystwa Krzewienia Kultury Fizycznej „Orzeł”. Po 7 latach w organizację biegu włączył się Zarząd Regionu Bydgoskiego NSZZ „Solidarność”. Z jego ramienia koordynatorem biegu był Ryszard Sieradzki. Bieg nie ma charakteru rywalizacji sportowej. Wszyscy biegną w celu upamiętnienia księdza Jerzego. Nie ma zwycięzców ani przegranych. Na mecie wszyscy biegacze otrzymują pamiątkowy medal oraz puchar dla drużyny.

W 2000 roku Bieg Sztafetowy został także wpisany do kalendarza imprez Krajowego Stowarzyszenia Kultury Zdrowotnej i Sportu NSZZ "Solidarność", dzięki czemu wśród uczestników znaleźli się nie tylko członkowie i sympatycy Związku ale także młodzież ze szkół średnich. Dołączały do niego organizacje kościelne, kluby biegaczy z terenu województwa, a także drużyny z innych regionów Polski m.in.: Stalowej Woli, Płocka, Poznania, Ostrowa Wielkopolskiego, Chojnic - zainteresowanie Biegiem było coraz większe.

Doroczny Bieg, który odbywa się zawsze w październiku, rozpoczyna się mszą świętą odprawianą w kościele pw. Świętych Polskich Braci Męczenników, miejscu w którym Ksiądz Jerzy odprawił swoją ostatnią mszę świętą i gdzie podczas nabożeństwa różańcowego nauczał: Aby zło dobrem zwyciężać. Stąd wyruszył w swoją męczeńską drogę. Uczestnicy Sztafety oddają hołd temu wielkiemu Kapłanowi, człowiekowi, który swoje życie i śmierć poświęcił Bogu, Ojczyźnie i nam wszystkim.

Tradycją Biegu jest także wspólna modlitwa, zapalenie zniczy i złożenie kwiatów w miejscach, w których rozgrywała sie tragedia - w Bydgoszczy, Górsku, Toruniu i na tamie we Włocławku.

W 2014 roku do organizatorów biegu dołączyła Fundacja Światło-Życie. Dzięki pomocy fundacji biegł przetrwał trudne chwile i wciąż jest organizowany. Także w 2014 roku zmieniona została trasa biegu. Meta biegu znajduje się teraz na terenie Centrum Edukacji Młodzieży w Górsku. CEM to miejsce w całości poświęcone życiu i posłudze kapłańskiej księdza Jerzego, swoisty żywy pomnik kapelana „Solidarności”. Po zakończeniu biegu uczestnicy mogą zwiedzić muzeum znajdujące się w CEM.